NeuroDebianにanacondaを導入してjupyter notebook上でPyMVPAモジュールを利用する

NeuroDebianにanacondaを導入してjupyter notebook上でPyMVPAモジュールを利用できるようになるまでの流れを解説します。

まずはTerminalを開きましょう。

Gitのインストール

sudo apt-get -y update 
sudo apt-get -y install git

gccのインストール

sudo apt install gcc

pyenvからanacondaのインストール

まずはpyenvのインストールからです。

git clone https://github.com/yyuu/pyenv ~/.pyenv

.bashrcへのパスの追加

echo 'export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"' >> ~/.bashrc
echo 'export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
echo 'eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

pyenvが無事インストールされたかを確認

which pyenv

を入力して、

/home/brain/.pyenv/bin/pyenv

が返されればO.K.で、さらにNeuroDebianを再起動してもwhich pyenvで再現できれば安心です。

pyenvでインストール可能なバージョンのリストを表示します。

pyenv install --list

python3.6.5を入れておかないと怒られるのでインストールします。将来的には入れておかないバージョンが変わるかも知れないので先にanacondaのインストールを試みてエラーを確認するのもありだと思います。

pyenv install 3.6.5

python2系のanacondaの最新バージョンがanaconda2-5.2.0だったためこれをインストールすることにします。

pyenv install anaconda2-5.2.0

無事にインストールされたか確認しましょう。

pyenv versions

を打てば見られます。

brain@neurodebian:~$ pyenv versions
system
* 3.6.5 (set by /home/brain/.python-version)
anaconda2-5.2.0
brain@neurodebian:~$

上の場合、デフォルトのバージョンが* 3.6.5 (set by /home/brain/.python-version)になります。*がついているのが目印です。systemはもともとNeuroDebianにあったバージョンです。

この状態でモジュールをインストールしたとしてもインストール先は3.6.5 (set by /home/brain/.python-version)になりますし、pythonを起動しても3.6.5 (set by /home/brain/.python-version)のバージョンで起動してしまいます。

バージョンをanaconda2-5.2.0に切り替えましょう。

pyenv shell anaconda2-5.2.0

と打てば切り替えられます。

brain@neurodebian:~$ pyenv shell anaconda2-5.2.0
brain@neurodebian:~$ pyenv versions
system
3.6.5
* anaconda2-5.2.0 (set by PYENV_VERSION environment variable)
brain@neurodebian:~$

上の例のように切り替えられました。あとはpip installコマンドを利用して必要なモジュールをインストールしていきます。

PyMVPAのインストール

MUST HAVE

PyMVPAモジュールのインストール前に必ずインストールしておかなければいけないのがnumpyです。

pip install numpy

Strong Recommendations

インストールが強く推奨されているモジュールです。

pip install scipy
pip install nibabel

nibabelは.niiファイルをpython上で開くのに必要なものです。

エラーを吐かれないために

私がPyMVPAをインストールしようとした際にはエラーを吐かれてしまったので、以下のモジュールをインストールしたところ解決されました。

conda install -c anaconda swig
pip install h5py==2.8.0rc1

swingをインストールして、h5pyを最新版にアップデートしたとことになります。

PyMVPAのインストール

最後にPyMVPAモジュールをインストールして終わりです。

pip install pymvpa2

無事にインストールされたかjupyter notebookを起動して確認してみましょう。Terminalは閉じずにそのままいかのコマンドを打ちます。

jupyter notebook

万が一Terminalを閉じてしまった場合はデフォルトのバージョンが3.6.5 (set by /home/brain/.python-version)に戻ってしまっているので以下のコマンドを打ちましょう。

pyenv shell anaconda2-5.2.0
jupyter notebook

Google Chrome上でHomeが開いたら右上の”New”をクリックして”Python 2″を選択しましょう。デフォルトのWebブラウザをChromium Web BrowserからGoogle Chromeに変更しておかないとうまく起動できないようです。新しいノートが開くので

import mvpa2.suite

あるいは

from mvpa2.tutorial_suite import *

などと打って正常にimportされたことを確認すればPyMVPAのインストールは終了です。