NeuroDebianにanacondaを導入してjupyter notebook上でPyMVPAモジュールを利用できるようになるまでの流れを解説します。
まずはTerminalを開きましょう。
目次
Gitのインストール
sudo apt-get -y update sudo apt-get -y install git
gccのインストール
sudo apt install gcc
pyenvからanacondaのインストール
まずはpyenvのインストールからです。
git clone https://github.com/yyuu/pyenv ~/.pyenv
.bashrcへのパスの追加
echo 'export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"' >> ~/.bashrc echo 'export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc echo 'eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
pyenvが無事インストールされたかを確認
which pyenv
を入力して、
/home/brain/.pyenv/bin/pyenv
が返されればO.K.で、さらにNeuroDebianを再起動してもwhich pyenvで再現できれば安心です。
pyenvでインストール可能なバージョンのリストを表示します。
pyenv install --list
python3.6.5を入れておかないと怒られるのでインストールします。将来的には入れておかないバージョンが変わるかも知れないので先にanacondaのインストールを試みてエラーを確認するのもありだと思います。
pyenv install 3.6.5
python2系のanacondaの最新バージョンがanaconda2-5.2.0だったためこれをインストールすることにします。
pyenv install anaconda2-5.2.0
無事にインストールされたか確認しましょう。
pyenv versions
を打てば見られます。
brain@neurodebian:~$ pyenv versions system * 3.6.5 (set by /home/brain/.python-version) anaconda2-5.2.0 brain@neurodebian:~$
上の場合、デフォルトのバージョンが* 3.6.5 (set by /home/brain/.python-version)になります。*がついているのが目印です。systemはもともとNeuroDebianにあったバージョンです。
この状態でモジュールをインストールしたとしてもインストール先は3.6.5 (set by /home/brain/.python-version)になりますし、pythonを起動しても3.6.5 (set by /home/brain/.python-version)のバージョンで起動してしまいます。
バージョンをanaconda2-5.2.0に切り替えましょう。
pyenv shell anaconda2-5.2.0
と打てば切り替えられます。
brain@neurodebian:~$ pyenv shell anaconda2-5.2.0 brain@neurodebian:~$ pyenv versions system 3.6.5 * anaconda2-5.2.0 (set by PYENV_VERSION environment variable) brain@neurodebian:~$
上の例のように切り替えられました。あとはpip installコマンドを利用して必要なモジュールをインストールしていきます。
PyMVPAのインストール
MUST HAVE
PyMVPAモジュールのインストール前に必ずインストールしておかなければいけないのがnumpyです。
pip install numpy
Strong Recommendations
インストールが強く推奨されているモジュールです。
pip install scipy
pip install nibabel
nibabelは.niiファイルをpython上で開くのに必要なものです。
エラーを吐かれないために
私がPyMVPAをインストールしようとした際にはエラーを吐かれてしまったので、以下のモジュールをインストールしたところ解決されました。
conda install -c anaconda swig
pip install h5py==2.8.0rc1
swingをインストールして、h5pyを最新版にアップデートしたとことになります。
PyMVPAのインストール
最後にPyMVPAモジュールをインストールして終わりです。
pip install pymvpa2
無事にインストールされたかjupyter notebookを起動して確認してみましょう。Terminalは閉じずにそのままいかのコマンドを打ちます。
jupyter notebook
万が一Terminalを閉じてしまった場合はデフォルトのバージョンが3.6.5 (set by /home/brain/.python-version)に戻ってしまっているので以下のコマンドを打ちましょう。
pyenv shell anaconda2-5.2.0
jupyter notebook
Google Chrome上でHomeが開いたら右上の”New”をクリックして”Python 2″を選択しましょう。デフォルトのWebブラウザをChromium Web BrowserからGoogle Chromeに変更しておかないとうまく起動できないようです。新しいノートが開くので
import mvpa2.suite
あるいは
from mvpa2.tutorial_suite import *
などと打って正常にimportされたことを確認すればPyMVPAのインストールは終了です。
